Haliç Tıp Fakültesinde Eğitim metodu olarak Entegre Sistem uygulanmaktadır. Ülkemizde tıp fakültelerinin çoğunluğunda uygulanmakta olan bu sistem, fakülteler arası yatay ve dikey geçiş imkanlarını kolaylaştırdığı  ve aynı zamanda uluslararası tıp eğitimi standartlarını da sağladığı için tercih edilmiştir.

Haliç Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde eğitim-öğretim süresi altı yıldır ve birbirini izleyen üç ana dönemden oluşur:

a) Klinikle Entegre Temel Dönem:

İlk üç sınıfta eğitim-öğretim asıl olarak, sistem temelli, mesleki ve klinik beceri derslerini de içeren kuramsal ve/veya uygulamalı, yatay ve dikey entegre konu başlıklarına göre oluşturulmuş ders kurullarından meydana gelir ve sınavlarda ders kurulu geçme kredi sistemi uygulanır.
Klinikle Entegre Temel Dönemin amacı tıp bilimlerinin temelinin klinikle dikey entegrasyon sağlanarak hem kuramsal hem de beceri uygulamalarıyla sunulması ve bunun hekimlik sanatının uygulanmasına yönelik pratik klinik eğitimle pekiştirileceği Klinik Tıp Bilimleri Dönemi’ne hazırlık sağlanmasıdır.

b) Klinik Tıp Bilimleri Dönemi:

Klinik, poliklinik, ameliyathane gibi uygulamalı alanları ve laboratuvar çalışmalarını içeren stajların bulunduğu dördüncü ve beşinci sınıfları kapsar.
Klinik Tıp Bilimleri Dönemi’nin amacı Klinikle Entegre Temel Dönem’de öğrenilen kuramsal bilgilerin ve beceri uygulamalarının hekimlik sanatının uygulanmasına yönelik pratik klinik eğitimle pekiştirilmesi ve İnternlik Dönemi’ne hazırlık sağlanmasıdır.

c) İnternlik Dönemi:

Öğrencilerin kesintisiz on iki aylık süre boyunca hekimlik mesleğini uygulamalarına olanak veren altıncı sınıftır.
İnternlik Dönemi’nin amacı bundan önceki dönemlerde edinilen bilgi, beceri ve yetkinliklerin öğretim elemanlarının denetiminde uygulanabilmesi ve geliştirilmesinin sağlanmasıdır.

Tüm derslerini başararak mezun olan öğrencilere Tıp Doktoru (Dr. Med.) unvanı verilir.